Nel 1158 quattro esperti di diritto, quattro doctores ritenuti allievi di Irnerio, cioè Bulgaro, Martino, Jacopo e Ugo di Porta Ravegnana vengono invitati da Federico I Barbarossa alla Dieta di Roncaglia per esprimere un parere sui diritti dell’Impero nei riguardi di altre entità politiche. Tranne Martino, gli altri tre si pronunciarono a favore dell’Impero. Essi dimostrano con glosse molto sottili che l’unica Legge è quella romana, affidata all’Impero. Come conseguenza Federico I Barbarossa nel 1158 promulga una Constitutio Habita con la quale si stabilisce che ogni scuola si costituisce come una societas di socii (allievi) presieduta da un maestro (dominus) che viene compensato con le quote pagategli dagli studenti.
L’Impero si impegna a proteggere dalle intrusioni di ogni autorità politica tutti gli scholares che viaggiano per ragioni di studio. Si tratta di un evento fondamentale per la storia dell’università europea. L’università diventa per legge il luogo in cui la ricerca si sviluppa liberamente, indipendentemente da ogni altro potere.
Dopo la morte del Barbarossa durante la terza crociata l’Università bolognese sopravvive al crollo del suo protettore. Il Comune cerca di controllare le societates ma per resistergli gli studenti si organizzano secondo la loro origine. A Bologna abbiamo i Citramontani (al di qua delle montagne, italiani ma non bolognesi, lombardi, toscani e romani) e gli Ultramontani (non italiani, viventi al di là delle Alpi, francesi, spagnoli, provenzali, inglesi, piccardi, borgognoni, normanni, catalani, ungheresi, polacchi, tedeschi, eccetera). Il XIII secolo è un’epoca piena di contrasti. L’università, tra mille difficoltà e inserendosi nelle dispute politiche dell’epoca, combatte per la propria autonomia, mentre il potere politico cerca di usarla come strumento di prestigio. In questi anni si trovano a Bologna più di duemila studenti.
Dal XIV secolo alle scuole dei giuristi si affiancano quelle dei cosiddetti artisti, studiosi di medicina, filosofia, aritmetica, astronomia, logica, retorica e grammatica. Dal 1364, viene istituito anche l’insegnamento di teologia.
A Bologna trascorrono periodi di studio Dante Alighieri, Francesco Petrarca, Guido Guinizelli, Cino da Pistoia, Cecco d’Ascoli, Re Enzo, Salimbene da Parma e Coluccio Salutati. Nel XV secolo si costituiscono insegnamenti di greco e di ebraico, e nel XVI secolo quelli di magia naturale, cioè la scienza sperimentale. Il filosofo Pietro Pomponazzi sostiene lo studio delle leggi naturali malgrado le posizioni tradizionaliste della teologia e della filosofia. Una figura rappresentativa di questo periodo è Ulisse Aldrovandi che estende il suo contributo alla farmacopea, allo studio degli animali, dei fossili e di varie meraviglie di natura che raccolse e classificò.
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Unibo, Statua di Ercole presso il Rettorato a Palazzo Poggi, Bologna